Probleme bei der Pflanzenzüchtung
Die Freisetzung von gentechnisch veränderten Pflanzen birgt die Gefahr, dass sich die neu hinzugefügten Gene ausbreiten und an wilde Verwandte oder Kulturpflanzen benachbarter Felder weitergegeben werden. Diese Befürchtungen wurden in Mexiko bereits wahr. Wissenschaftler entdeckten in traditionellen Maissorten die für gentechnisch veränderte Sorten typischen Gensequenzen. Als wahrscheinlichste Quelle für die Verunreinigung gelten die unkontrollierten Maisimporte aus den USA, wo etwa ein Viertel der Maisernte gentechnisch verändert ist. Die über Jahrtausende in Mexiko gezüchtete Vielfalt an Maissorten ist dadurch bedroht.
Ein wichtiger Aspekt einer möglichen negativen Beeinflussung des Ökosystems ist außerdem die Wirkung der gentechnisch veränderten Lebewesen auf sogenannte Nichtzielorganismen wie Nutzinsekten oder Bodenmikroorganismen. So entdeckten beispielsweise schottische Wissenschaftler an gentechnisch veränderten Kartoffeln unerwartete Negativfolgen für Marienkäfer. Die Kartoffeln, denen ein Gen für ein Läusegift aus Schneeglöckchen eingebaut wurde, wehrten nicht nur die Läuse ab, sondern bewirkten überdies das Absterben und die Sterilität von Marienkäfern, nachdem diese die Läuse gefressen hatten. Aufgrund derartiger Schäden an den Mitgliedern der lokalen Nahrungsketten kann es zu negativen Folgen für die Artenvielfalt (die Biodiversität) vor Ort kommen. Im Extremfall, etwa dem Ausfall mehrerer Nützlinge, wird die Stabilität der bestehenden Lebensgemeinschaften dadurch ernsthaft gefährdet. Dies birgt wiederum die Gefahr einer verminderten Pflanzengesundheit der Feldfrüchte und daraus resultierenden Ernteverlusten.
Allergenes Potenzial betrifft ein Risikopotenzial, das durch die im gentechnisch veränderten Organismus gebildeten Inhaltsstoffe hervorgerufen werden. So werden in Pflanzen z.B. in der Mehrzahl mikrobielle Gene eingebaut. Diese Genübertragung hat zur Folge, dass für den Organismus unbekannte Proteine mit veränderten Strukturen entstehen können. Diese können bisher nicht bekannte Allergene darstellen.
Ein Auskreuzen der neuen Eigenschaft (horizontaler Gentransfer) auf andere Lebewesen des jeweiligen Biotops kann je nach der Art der übertragenen Eigenschaft ebenfalls negative ökologische Effekte haben. Besteht bei Pflanzen die Möglichkeit, sich mit verwandten Arten zu kreuzen, können sich beispielsweise Resistenzgene in der Umwelt weiterverbreiten. Es besteht die Gefahr, dass die Verbreitung der Eigenschaften zu einer erhöhten ökologischen Fitness gegenüber anderen Pflanzen führen könnte. Auskreuzungen gentechnisch veränderter Rapspflanzen an verwandte Arten wurden in den letzten Jahren mehrfach nachgewiesen. Bei Mikroorganismen gehört der horizontale Gentransfer sogar zum Alltag. Ein Austausch von Genen zwischen gentechnisch veränderten und unveränderten, natürlich vorkommenden Stämmen ist daher wahrscheinlich.